Estado de Referencia: Distrito Federal

Buen dia, he vivido en union libre 5 años aproximadamente tengo un hijo de 2 actualmente, he estado analizando la posibilidad de separacion ya que no quiero que mi hijo crezca en un ambiente de problemas con mi pareja, pero lo que me detiene es que pasara con mi hijo,

Hace un año mi pareja y yo acordamos vivir en Queretaro actualmente estamos en el DF,yo tramite mi cambio de lugar de trabajo a esta ciudad y estan por entregarme mi casa  y darme mi cambio a esta ciudad, mi pareja tardaria mas de dos años para pedir su cambio, entonces si me separo ahora, que pasaria con mi hijo? y donde puedo acudir para solicitar pension para el, ya que la mayoria de los gastos los tengo yo y lo mas probable es que mienttras nos separamos yo me tenga que ir a Queretaro, si me llevo a mi hijo seria legal?, lo que me da miedo es que el vaya a acusarme de secuestro o algo asi. Donde puedo acudir para que mi separacion sea sin problemas.  Por favor orientenme para salir de dudas