Si bien PEMEX es una entidad pública, y un ciudadano que considera que sus derechos y garantías son violentados por alguna acción u omisión en esta entidad; en tu caso, no cabría interponer un amparo, PUES ES UN RECUROS EXTRAORDINARIO, y de acuerdo al principio de definitivita del acto reclamado, es necesario previamente agotar las instancias ordinarias. En este caso rápidamente te puedo aconsejar dos opciones: 1.- la vía administrativa, presentar un recurso administrativo ante el departamento que se encarda de hacer los pagos, solicitando la aclaración del descuento o el pago inmediato de lo descontado, si no te responde o su respuesta no te complace podrás acudir en vía de amparo. 2. Acudir ante los tribunales laborales para que resuelva tu situación. Si necesitas mayor asesoría puedes encontrarme en la web como SANTOS PEREZ MONTAÑO ABOGADOS & CIA