Donde vivimos es un departamento en una planta alta que yo construi pero no tengo nada a mi nombre porque la planta baja es la casa de mi madre, que disposicion tendria este bien en el divorcio?

NINGUNA DISPOSICION , YA QUE ESTE BIEN PERTENECE A SU ASCENDIENTE

no me gustaria meter en problemas a mi madre. En caso de que no aplique nada contra este bien ella tendria que salirse?

SI.

para esto ella tiene una casa a su nombre y tiene trabajo.

HAY QUE SABER BAJO QUE REGIMEN DE BIENES SE CASARON

Para el caso de los hijos como ya tienen cierta edad ellos podrian tener el derecho de decidir con quien quedarse? o obligadamante se quedan con ella? 

ELOS YA PUEDEN DECIDIR CON QUIEN VIVIR

Por lo que corresponde a la pension alimenticia, cual es el porcentaje que me tocaria proporciar?

DE ACUERDO A TU CAPACIDAD ECONOMICA Y NECESIDADES DEL MENOR

basicamente en el matrimonio no adquirimos bienes materiales solo el que ella pudo sacar una casa de infonavit y a mi nombre no tengo bienes y mi intencion no es pelear nada de eso pero conociendola pues puedo casi estar seguro que ella si intentara pelear donde vivimos

HAY QUE SABER BAJO QUE REGIMEN DE BIENES SE CASARON .

pero basicamente supongo que no se puede ya que es tecnicamente propiedad de mi madre , cierto?

SI, ELLA  NO PUEDE HACER NADA CON ESA PROPIEDAD POR QUE ES DE TU MADRE

SALUDOS