Desde mi punto de vista la prescripcion, corre a partir de que el  "supuesto padre" toma conocimiento de dicha situacion... y no precisamente en el momento en que la madre la presenta ante una autoridad... esto debido a que el documento ya la ha sido utilizando (kinder, primaria, secundaria)... entonces desde que tuvo conocimiento se coloco en el momento oportuno para denunciar e impugnar dicha acta... 

casi estoy seguro que si el padre  ha convivido con la menor, bastara  testimoniales, documentales (fotografias), etc, para demostrar que el ya tenia conocimiento del acta y sobre todo de su paternidad etc... y  en el supuesto que hubiera delito, ya prescribio.

Saludos!!