Buenas noches:

En respuesta a su consulta, puede solicitar el divorcio por la causal de más de dos años de separación, esto debe de hacerlo en el lugar donde fue su último hogar conyugal, ya sea en la Ciudad de Querétaro que fue donde se caso o donde hayan vivido juntos hasta que él se fue.

En el caso de cambiarle los apellidos a sus hijas, eso no es posible, nuestra legislación no permite cambiar los apellidos por el hecho de querer hacerlo, no son cambiables, ni intercambiables.