En efecto una cotizacion menor a la realmente se percibe afecta directamente cuando se va a retirar, y/o cuando se sufre un accidente o riesgo de trabajo, por lo que hace al horario si en el contrato se fijo un horario menor al legal que son ocho horas diarias o 48 a la semana, estas contaran como horas extras; sin embargo es comun que cuando inicies una demanda ante la junta de conciliación la empresa termine por despedirte; por lo que te recomiendo que si deseas salirte de la empresa por estas condiciones preferentemente consultes a un abogado laboral en tu ciudad antes de firmar o tomar una decisión. Suerte