Lo que corresponde, es que si te denuncian por algún delito (y ya estás segura que te han denunciado) promuevas un amparo y acudas a rendir tu declaración ministerial, en la cual daras tu versión de los hechos, en la que precisamente diras, lo que estás vertiendo aquí (omitiendo el confesar el hecho... obvio.) es decir, que el sistema esta mal configurado, que tu nunca tomaste nada, ni mercancia, ni efectivo ni valores de ningun tipo, y que desde que ingresaste a trabajara estaban y existian esos faltantes. (tenrias que analizar bien los detalles de tu caso con tu abogado para que te asesore al momento de planear tu declaración).

Ve pensando en las pruebas que exhibiras, saludos.

Por otro lado, si sabias que lo hacias estaba mal, no lo hubieras hecho, simplemente lo hubieras hecho constar, "Falta esta mercancia y yo acabo de llegar"  (que seguramente es lo que hizo tu reemplazo y por eso te están molestando a ti)