Hola... todo depende de que tipo de empresa se trate y que tipo de funcionario publico es usted...Por ejemplo... si trabaja en la secretaria de economia por ejemplo.... y quiere formar una empresa para que concurse en licitaciones a PEMEX, CFE o cualesquier organismo publico o descentralizado Obvio que tiene impedimiento segun la Ley de Responsabilidad de los Servidores PUblicos pues se busca evitar que puedan favorecerle desde su trabajo a la empresa en cuestión. 

Ahora que si usted trabaja en TURISMO por ejemplo y su empresa es para atender el ramo petrolero... claro que no debiere haber impedimento ya que su rubro no es incompatible ...aunque se debería consultar la legislacion de su unidad administrativa pues en algunas de ellas buscan EXCLUSIVIDAD es decir no laborar en ninguna otra parte mas que con ellos. (Poder Judicial Federal, PGJ, STJE, entre otras)