Buen dia. Lo dicho por la Lic. Rosa (saludos) es correcto.  Solo que lo diré en otras palabras. Usted necesita tramitar un juicio que la ley llama "Controvercia de paternidad". En él, usted demandadrá dicha controvercia arguyendo ser el padre biologico del menor y acompañando ADN para avalar su dicho. 

La madre como el que figura como padre .... seran emplazados. Igual pueden allanarse o no. y finalmente el Juez dictara sentencia.

OJO. Muy importante... en su demanda NO PIDA LA NULIDAD DEL ACTA como equivocadamente muchos colegas lo solicitan por ignorancia del problema que le etiquetan al menor. Solicite la controvercia de paternidad SI... pero solicite en la demanda que una vez que quede demostrado en Juicio ser usted el verdadero padre biologico, ORDENE modificar el acta del menor para que se sustituya el nombre de quien hoy aparece como padre por el de usted asi como el de los abuelos paternos y el apellido del menor. 

Porque?.....si se anula el acta e imaginemos que el menor ya tenga unos 5 años.... se creará una nueva acta donde figure como recien registrado a partrir de HOY. Para el codigo civil será un menor extemporaneo y SRE cuando vayan por pasaporte les pediran copias certificadas del apendice del registro cada que saquen pasaporte nuevo. 

Por ello, para evitarlo...unicamente soliciten sea sustituido esos datos en el acta del menor y listo :)

Saludos