Consiero que puedes demandar la indemnización constitucional o la reinstalación ya que si la razón del despido es la evaluación del órgano de contril interno, ésta debió realizarse una vez que se tuvo el resultado, de lo contrario prescribe la acción del patrón para disciplinar las faltas o para  hacer el aviso de rescisión correspondiente, pues no puede hacerse en contra de la Ley Federal del Trabajo que concede 30 días para disciplinar las faltas o realizar los despidos, sin importar que se trate de una relación laboral entre trabajadores del Estado, para lo cual se aplicaría la LFTSE, en forma supletoria a las condiciones de trabajo de los estados y municipios.

Ahora bien, si entiendo tu planteamiento, estas sujeto a un procedimiento penal que pudo tener su origen en una comducta considerada como delito fuera de tu trabajo, o incluso en ejercicio de tus funciones. Esto no indica que seas despedido por el proceso penal, y con mayor razón si la conducta fue con motivo o en ejercicio de un deber, debermos esperar la sentencia del juez penal.

Aun tratándose de un delito fuera de tus funciones, no se te puede sancionar mientras no se dicte sentencia condenatoria, caso en que la Ley Federal del Trabajo establece que será causa de rescisión de la relación laboral la sentencia condenatoria que imponga pena de prisión que impida cumplir con la relación laboral, de lo que se puede diferenciar fácilmente que no es lo mismo el simple proceso que una sentencia condenatoria.

Espero mi humilde opinión te sirva de algo.