Sí hay un registro que debes eliminar, es el segundo y no el primero. No había motivo para hacer un segundo (amén de que es ilegal). Lo que recomiendo es que inicies un trámite de anulación del segundo registro, al mismo tiempo que haces una aclaración en el primero respecto a esta circunstancia. Respecto al asunto de las CURP para la titulación, consúltalo con la universidad, y ojalá no te acarré más problemas. Uno no puede andar por la vida inventándose identidades extras. Resuélvelo a la brevedad posible.

Saludos.