No debera de afectarte ya que la normatividad del seguro social solo señala como requisitos para tener derecho al pago del subsidio por incapacidad los siguientes: estar vigente como asegurada, tener minimo 30 semanas cotizadas antes de  la fecha de inicio de la incapacidad prenatal, que el embarazo y la fecha probable del parto esten certificados por un medico del imss y no realizar un trabajo remunerado durante la incapacidad, así pues,  si has cotizado constantemente durante este último año seguramente tienes las semanas requeridas, solo te recomiendo que si cambias de trabajo cheques que se realice el tramite correctamente ante el seguro social, de modo que no dejes de estar vigente.