Hola: Tienes 2 preguntas de dos momentos diversos y creo que cada una merece una respuesta:

1.- Una vez interpuesta la apelacion, debes esperar la resolucion, pues justamente los agravios deben hacerse valer en contra de la apelacion.

2.- Nop el Amparo Directo, no goza del principio de excepcionalidad, justamente  este se aplica en contra del auto de formal prision, por ello no es posible promoverlo, ya que este nuevo juicio, no solo no sera sobreseido, sino que incluso al haber hecho omision del  principio de definitividad te negaran  entrar al estudio del mismo debido a esa circunstancia.

Sin embargo, creo que hay una modificacion a esto en la nueva Ley de amparo...dame oportunidad de checarlo bien e incluso existe un nuevo criterio de la primera sala...pero dame tiempo y si es asi lo subo con gusto, para servicio de todos, espero no equivocarme..si es asi ofrezco una disculpa.