si puede presentar la demanda de Amparo Indirecto, pero con la caracteristica de que si del informe justificado se percata que es delito grave, entonces al momento de solicitar la suspension no te servira de nada ya que en caso de existir dicha orden de aprehensión el juez federal te dira que para que surta efectos la suspension debes de presentarte a rendir tu declaracion preparatoria y ahi puedes ser detenido y los efectos son solo para que quedes a disposicion del juez federal....

En este caso lo mejor que puedes hacer es presentar el amparo y esperar a que se resuelva de fondo.