Estimada:

Te recomiendo revisar los principios rectores del juicio de amparo para aclarar tus dudas.

Especifiamente el principio de definitividad del acto reclamado, el cual establece que el amparo solo procede contra aquellos actos en los cuales no exista ningún otro medio ordinario de defensa.

Si estas tramitando un juicio y consideras que existen violaciones al procedimiento debes atacarlas mediante el recurso ordinario contemplado en la ley, (apelación u otro de acuerdo a la materia y procedimiento) contra la resolución del medio de defensa, procederia el amparo indirecto si es una sentencia que no pone fin al juicio, o el amparo directo si la sentencia pone fin al juicio.

Cualquier duda la comentamos.

Saludos.