Adicionalmente a los que dice wofito2088 le comento que una no es supletoria de la otra, toda vez que su ámbito de aplicación esta perfectamente definido, la LFT rige las relaciones laborales en la iniciativa privada y la LFTSE regula las relaciones laborales establecidas con el Gobierno Federal (existen excepciones).

Si fuera usted tan amable en comentarnos a que contradicción se refiere entre ambas Leyes, con mucho gusto le aportaremos al respecto.