Haber no se entiende muy bien.

El dinero que se esta moviendo es entre las cuentas de la empresa?, es decir (un ejemplo) la empresa tiene cuentas en bancomer, santander, banamex, Entonces tu y tu compañero estan haciendo depósitos, pagos y retiros entre ellas?

Si es así. No hay ningún problema para ustedes, malo sería que el dinero se estuviera moviendo en las cuentas personales de ustedes dos, porque ahí si, si se registran ingresos en efectivo superiores a cierta cantidad, el banco hace la retención del famoso IDE.

Si las transacciones en efectivo han sido entre las cuentas de la empresa, y si han superado el limite permitido entonces a la empresa le van a descontar el IDE, pero no a ustedes dos.

Suerte.