La Ley Federal De Los Trabajadores Al Servicio Del Estado, Reglamentaria Del Apartado B) Del Artículo 123 Constitucional, dice lo siguiente:

Artículo 45.- La suspensión temporal de los efectos del nombramiento de un trabajador no significa el cese del mismo.

Son causas de suspensión temporal:

II.- La prisión preventiva del trabajador, seguida de sentencia absolutoria o el arresto impuesto por autoridad judicial o administrativa, a menos que, tratándose de arresto el Tribunal Federal de Conciliación y Arbitraje, resuelva que debe tener lugar el cese del trabajador.

Por lo dicho en la Ley, solamente deberá usted presentarse en su centro de trabajo, y mediante escrito donde solicita reincorporarse a sus labores, hacer entrega de una copia certificada de su sentencia absolutoria, solicitando asignación inmediata (no olvide llevar copia de su escrito para solicitar acuse de recibido), esto debe hacerlo de inmediato, toda vez que a partir de su sentencia corre el plazo para que le levanten acta de abandono de empleo.

Este debería ser el procedimiento simple y llano,  pero conociendo como se manejan situaciones sobre todo en este Dependencia, lo más probable es que se encuentre con que esta dado de baja, de ser así, deberá contratar un abogado especialista en derecho laboral (pero sobre todo con conocimientos sobre el Gobierno Federal), para que proceda a etablar proceso legal solicitando su reeintalación.