creo que para poder enteder este tema es necesario diferenciar entre la suspension concedida en el Juicio de Amparo con la libertad provisional bajo caucion establecida como derecho constitucional
 
el incidente de suspensión tiene el efecto de  permitir que las cosas queden en el estado en que se encuentran a la promoción del juicio de garantías, preservando su materia durante el trámite del mismo, impidiendo la consumación de actos violatorios de garantías, en cambio la libertad provisional bajo caucion es un derecho  fundamental establecido en el articulo 20 fraccion 1 anterior a las reformas que puede ser concedido por el Juez de distrito si lo pide el inculpado siempre y cuando  el Juez o tribunal que conozca de la causa no se haya pronunciado al respecto

como atinadamente lo explica    Rosen   "La suspensión concedida contra los efectos de una orden de aprehensión no supone necesariamente la libertad del quejoso. Esto sólo es posible, según se explicó, en el caso en que haya sido girada por delito no grave, y que la misma aún no se encuentre ejecutada, pues la suspensión evita dicha ejecución, o bien que ya se hubiese detenido al agraviado, en donde la libertad, más que por efecto de la suspensión, lo es por el motivo de que se le otorgue el beneficio previsto en la fracción l del artículo 20 constitucional."

lo anterior toda vez que los efectos del incidente de suspension no trae como consecuencia tratandose de la orden de aprehensión o un auto de formal prisión la libertad del quejoso, pues esta se concede para el efecto de que no se dicte Sentencia Definitiva, pues esto haría consumado irreparablemente el acto reclamado, pero dentro del Incidente de suspension puede el Juez de distrito pronunciarse sobre la Libertad bajo caucion del quejoso y dejarlo en libertad bajo su más estricta responsabilidad, quien tomará, en todo caso, las medidas de aseguramiento que estime pertinentes .

por lo que la libertad provisional bajo caución dentro del incidente de suspensión,  cobra autonomía del propio incidente e incluso del juicio principal, toda vez que su vigencia únicamente podrá revocarse cuando el inculpado incumpla en forma grave con cualquiera de las obligaciones que en términos de ley se deriven a su cargo en razón del juicio de amparo o del procedimiento penal respectivo


en resumen tratando de contestar la pregunta de origen:

Que sucede cuando en un Incidente de Suspensión esta se concede por delito no grave pero el quejoso ya esta en prisión? cuales son los efectos de la suspensión definitiva?

tiene el efecto de  permitir que las cosas queden en el estado en que se encuentran a la promoción del juicio de garantías, preservando su materia durante el trámite del mismo, impidiendo la consumación de actos violatorios de garantías es decir suspender el procedimiento  una vez cerrada la instrucción y hasta que sea notificada de la resolución que recaiga sobre el juicio de amparo.  y en su caso si lo pide el quejoso y el juez de la causa no se ha pronunciado al respecto puede dejarlo en libertad  mas que por el incidente de suspension se otorgaria por el motivo de que se le otorgue el beneficio previsto en la fracción l del artículo 20 constitucional que es un derecho que tiene el inculpado.