SIn tener mucha experiencia es estos temas, me atrevo a darte mi comentario, que espero te sirva de algo.

Si existió error en la escritura el Infonavit debió haberlo canalizado a través del Notario que le dió validez jurídica a tu operación de compraventa y no tratar de solucionar el problema directamente contigo, por eso lo hizo contigo, porque les era más fácil y más rápido solucionar el error en que incurrieron, para eso están los Notarios y para eso están adscritos en ese instituto; no puede ser posible que el Infonavit te haya dado unas escrituras para que luego las firmaras.

Puede ser posible que las segundas escrituras sean solo un documento "administrativo" para que el Infonavit pueda  operar el crédito, pero como dices tu, y conociendo como se maneja la burocracia mexicana, ¿quién te asegura que no tednrás problemas en el futuro?.          

Lo mejor es que vuelvas a ver al Notario e insístele en el problema en que te metieron, la primera  escritura es la buena porque esa es la que te está dando la titularidad en el RPP y ante la sociedad. No te despegues del Notario hasta que te solucione el problema provocado por el personal del Infoanvit.

Suerte!