No.

Si su esposo se llama Perez Lopez .... NO PODRA registrar como LOPEZ Perez ..... porque cambia la filiación.

Aunque ambos sean apellidos de su madre... implica que el abuelo se apellida Perez y la abuela Lopez. Si se pudiere aser un cambio asi.... se entendería entonces que el abuelo sería Lopez (Hermano de la abuela) y la abuela Perez

Por ello aunque usted lo quiera... simplemente no va a poder.... tendrá que llevar su hijo el apellido paterno (Aun sea ambos apellidos de la madre) y sería registrado para el caso de este ejemplo como Juanito Perez y el apellido de usted.

Saludos