Garovalo;  te recalco la pregunta inicial:

"Alguna vez se habian topado con un articulo en el codigo civil que sea contra dicho por uno del codigo deprocedimientos civiles? Si?"

Puse un ejemplo concreto y expliqué porqué existe y cómo se le conoce en la práctica judicial; “incongruencia legislativa o sistemática”. 

...

Por otro lado, no entiendo cuál es tu duda; si revisas bien, expuse mi opinión diciendo por qué no existe contradicción objetiva de preceptos jurídicos en ésta consulta.

La posible desaveniencia entre tu criterio y el mío deviene del punto de vista procesal desde el que abordas el tema; yo lo propongo desde la óptica de la resolución judicial y tú desde el ejercicio mismo de la acción, la que en mi parecer, te falta estudiar su esencia todavía.

Propones como solución el error en el "ejercicio de la vía" y no sólo eso, sino que cometes el equívoco de establecer que existen acciones bipartitas, lo que constituye una falacia jurídica, porque dada la esencia de la acción, al constituir un derecho público subjetivo, es oponible al Estado para poner en marcha la actividad juridicente a solicitud del que impetra su reconocimiento, declaración o conservación de un derecho sustantivo, aparentemente violado por el demandado. Ese derecho no es susceptible de dividirse.

Te recuerdo que no puedes sujetar la actividad jurisdicente (facultad para dictar el derecho entre las partes) del Estado, a una protocolización en escritura pública por un Notario, porque sería tanto como reconocer la imposibilidad del mismo Estado a ejercer su atribución de imperio, lo que implica un contrasentido evidente.

Es decir, lo que erróneamente aprecias como "acción bipartita" constituye un acto de formalidad que reviste una determinación judicial "que reconoce o no un derecho subjetivo" y no… como falazmente pretendes, el desprendimiento objetivo de "una parte" del derecho a reclamar judicialmente la protección de éste último. 

Dicho lo anterior, te comento que la postura que asumo es en razón de la de "la resolución que pone fin al procedimiento"; te explico.

La vía de jurisdicción voluntaria, por constituir un procedimiento judicial “no contencioso” en el que se reconoce un derecho subjetivo, siempre estará sujeto a impugnación posterior; es decir, no adquiere la categoría de cosa juzgada y por ende, la de inamovilidad de la sentencia, porque siempre existe la posibilidad de que sobrevenga un tercero con mejor derecho.

La resolución que se dicta NO ES una sentencia definitiva, sino que constituye, como dije antes, una declaración judicial de reconocimiento a un derecho subjetivo "no controvertido".

La "sentencia definitiva" es, a decir a un procesalista uruguayo, la forma ordinaria de poner fin a "un juicio"... donde existen dos contendientes con intereses jurídicos contrapuestos,  acto procesal que constituye la actividad jurisdicente del Estado.

Ahora, el punto fino de la consulta se distingue aquí; la resolución de las diligencias de información ad perpetuam, debe protocolizarse para dar constancia "por primera vez" del acto generador de la propiedad -la resolución judicial- y su posterior inscripción en el Registro Público de la Propiedad, para surtir efectos frente a terceros posteriormente; de ahí surge el asiento registral respectivo.

La usucapión supone, por su esencia misma, la preexistencia de la propiedad; por ello, decidido el conflicto entre las partes, la "sentencia definitiva" se inscribe directamente en el Registro Público de la Propiedad, pues el acto generador de aquella es una “posesión jurídica originaria” –no derivada– , la que no existe en las diligencias de información ad perpetuam. Por ello es que, si existe un asiento registral a nombre del anterior propietario, proceda su cancelación y ulterior inscripción de la sentencia en su lugar.

Saludos.