La Policía Federal está en actitud correcta, lamentablemente usted tiene un concepto erróneo sobre lo mencionado en la Ley, que a la letra dice:

LEY DE CAMINOS, PUENTES Y AUTOTRANSPORTE FEDERAL

Artículo 41

La Secretaría expedirá permiso a los transportistas autorizados por las autoridades estatales o municipales para el uso de caminos de jurisdicción federal que no excedan de 30 kilómetros y sean requeridos para la operación de sus servicios, en los términos del reglamento respectivo.

Ahora bien, su situación tiene solución, con los permisos que ya tiene autorizados por el Estado, deberá presentarse en la Subdirección de Transporte del Centro SCT de su Entidad Federativa y solicitarles con fundamento en el artículo 41 de la LCPAF, el permiso respectivo para transitar dentro de los 30 km. a que hace referencia dicho artículo.