No dices de qué Universidad, pero si existe un Tribunal Universitario en tu caso, procede el amparo indirecto contra la resolución definitiva en contra del procedimiento seguido en forma de juicio.

Hasta donde sé, no existen recursos contra las resoluciones de Tribunales Universitarios.

Consigue a un buen administrativista para que te apoye en la elaboración de tu amparo; deberás alegar violaciones trascendentales al procedimiento que te hubieren dejado sin defensa.

Saludos.