Que tal, principalmente La Ley Reglamentaria del Servicio Ferroviario (checa art 7, 34 y 60) y su Reglamento (checa art 29, 31 y 49). El derecho de via es variable en toda la longitud del Sistema Ferroviario Nacional, aunque por lo general es de 15 metros a cada lado del eje de la vía principal. A partir de la concesión de la mayor parte del Sistema una porción de este derecho de via esta a cargo del concesionario (10m aprox) y el resto (5m remanantes) a cargo de la SCT. Cuando se licitaron las concesiones SCT proporciono cartas del derecho de vía a los concesionarios para su preservación conforme a la Ley que te señale. Para tu caso, la línea A (mex-cd juárez) esta concesionada a Ferrocarril Mexicano (Ferromex) y excepto por la zona de la estación (donde es mayor) el derecho de vía, que yo sepa es de 15m a cada lado desde la vía principal, y hay que ver que esta vía tiene más de 100 años. si tu construcción invade esos 15 metros pueden ( y deben) denunciarte y recuperar la zona invadida, no importa si lo vayan a ocupar o no con obras, ya que es obligación de la SCT y del concesionario preservar esa franja. Ahora, por tu parte deberás contar con tus escrituras que marquen claramente los limites de tu propiedad, permisos de alineamiento, número oficial y de construcción de parte de la autoridad municipal. Aunque te voy comentando que si estas invadiendo parte de estos 15m dificilmente podrás tener una resolución favorable, te recomiendo revisar tu documentación y analices bien que decisión tomaras y te asesores con algún especialista (verifica su reación antes de contratar cualquier servicio o entregar documentación)