La ley es muy clara, y donde la ley no distingue no debemos distinguir, luego entonces si el artículo 1391 no hace alusión a que las copias certificadas de títulos de crédito, traen aparejada ejecución, como si hace esta distinción en el caso de instrumentos públicos, entonces no te servirá la copia certificada del título de crédito para iniciar juicio ejecutivo mercantil. LO que debes de hacer es solicitar se coteje el título de crédito, y solicitar se te entegue el original, dejando copia certificada del mismo.

Sin embargo desde mi punto de vista, si tu intentaras lo que quieres hacer, será muy fácil que la acción ejecutiva mercantil no prospere en vitud que el demandado tendrá una excepción personal en tu contra que sería la de litispendiencia, ya que estarás intentando cobrar 2 veces el mismo crédito, ya que iniciaste el juicio para exigir el cumplimiento de la obligación, que estaba garantiando el pagaré, liego entonces no creo que prospere.