Antes que nada debes acudir ante el Ministerio Publico y levantar un acta de extravió de tu factura original.

Asimismo deberás tramitar un procedimiento denominado en el D.F., Jurisdicción Voluntaria Ad Perpetuam, que en el Estado de México seria un Procedimiento Judicial no Contencioso, con la finalidad de que un Juez te reconozca como propietario del vehículo y la resolución que se dicte te servirá para acreditar la propiedad del vehículo.

Asimismo es importante aclarar que no es posible emitir una nueva factura que sustituya la anterior por extravió, a menos que tu estés dado de alta como persona física con actividad empresarial, podrías al vender el vehículo emitir tú una nueva factura que sustituya la anterior  y entregar solo copia de la factura de origen, pero solo si estas bajo el régimen fiscal indicado, este es el procedimiento que se realiza para la venta de autos seminuevos.

Lamentablemente la transmisión de la propiedad de un vehículo sin la factura original es complicada, no dudo que te ofrezcan reemplazar la factura, pero seguramente te entregarían una falsa así que ten cuidado, te repito legalmente no te puede emitir una nueva factura por extravió de la anterior.

Saludos.