En relación con tus dudas, te doy mi opínión:

A) El Juez del conocimiento, sólo puede analizar y conocer de incidentes que tengan relación con las cuestiones planteadas dentro del mismo, por lo que la acción de prescripción negativa no tiene relación con la litis original, así que deberás promover en diversa vía acción que pretendes.

B) No.

C) No.

Dentro de la demanda donde reclames la prescripción negativa, debes mencionar y acreditar con copias certificadas desde cuando el banco pudo haber reclamado el pago establecido en el contrato de hipoteca, pero un Lic. en Derecho especialista en materia civil deberá analizar bien dicho contrato, así como los alcances de la sentencia que refieres, pues si en el juicio de mérito no se hizo reclamación alguna del pago, no tiene sentido mencionarlo en la demanda, sólo hacer el cómo de la prescr ipción a partir de que se hizo exigible la obligación de pago.

Suerte!