mira para empezar si tu hijo es menor de doce años está algo dificil que el juez te otorgue la custodia, esto por que la ley en Qro establece que el menor de doce años debe de estar preponderantemente con la madre, si tu demuestras o tienes elementos para comprobar que si la mama se queda con la custodia de tu hijo se le puede causar una afectacion emocional el juez te pudiece dar la custodia.

ahora y antes de todo tienes que iniciar un juicio de divorcio necesario, consigue un codigo civil de tu region y busca el capitulo respectivo de divorcio y revisa las causales de éste. si tu pareja encuadra en una o más reune pruebas  e inicia tu juicio.

nota: revisa bien la demanda de divorcio y fijate que contenga un apartado que contenga las medidas cautelares en donde solicite(s) la custodia del tu hijo mientras se resuelve el asunto.

Espero esta informacion te sirva.

Suerte.