Me case bajo el regimen de sociedad conyugal, actualmente ya tengo 3 años que me separe y aun no hecho el tramite de divorcio.

Antes de casarme yo ya habia construido mi casa antes de casarme con ella pero nunca registre la casa en registro publico de la propiedad.

que problemas pudiera traerme si me quiero divorciar o quisiera realizar el tramite del registro de la propiedad.. me urgeee divorciarme

Y como adquiriste la propiedad? Con contrato privado, usucapión, donación o cómo?

Quién aparece como propietario en el Registro Público?

BUENO ANTES QUE TODO Y ANTES DE DIVORCIARTE PRIMERAMENTE REGULARIZA TU CASA PARA QUE SALGA A TU NOMBRE O AL DE OTRA PERSONA QUE SE DE TU CONFIANZA PLENA POR QUE QUEDARIA COMO LEGITMO DUELÑO Y POSTERIOR TE DIVORCIAS, AHORA QUE SI QUIRES DIVORCIARTE LO PUEDES HACER SI TU CASA NO ESTA INSCRITA AL MOMENTO EN QUE TU ESPOSA ACREDITE QUE HAY UN CASA QUE NO ESTA INSCRITA TE PODRAN CONDENAR MAS NUNCA VA A PODER VENDERLA YA QUE NO ESTA INSCRITA EN EL REGISTRO PUBLICO DE LA PROPIEDAD.. OJO YO TE RECOMIENDO PRIMERO ARREGLAR DICHOS PAPELES Y CAMBIALA DE NOMBRE PARA EVITAR FUTUROS PROBLEMAS... 

Adquiri con contrato privado, primeramente era un ejido. pero empezaron a regularizar los terrenos para que dejar de ser ejidos y paso a hacer una colonia mas el unico papel que tengo es una constancia de terreno. pero estoy pagando predial, y contrato de agua a mi nombre

Si los documentos que tienes son de fecha anterior a tu matrimonio no tienes ningun problema pues se entiende que el terreno y la construccion son de tu propiedad. Tramita divorcio, si es por acuerdo entre las partes es mejor y mas rapido.

Arregla la situacion de tu inmueble. Asesorate de un abogado.