Estado de Referencia: Guanajuato

Mi problema es que yo estudie en un conalep en el ciclo escolar 2001 - 2004 donde al finalizar adeude una materia del bachillerato la cual presente la verdad no recuerdo cuantas veces pero la última vez me mandaron una notificación de servicios escolares de que pasara por mi certificado, fui por el y me entregan un documento el cual ignorantemente en ese entonces pense que era pues mi certificado de prepa y que por tanto no tenía ya adeudo...... después en el 2009  me inscribi en la universidad de guanajuato con ese documento y pues no tuve problema alguno ya realice una carrera de 4 años mas mi servicio social profesional de 1 año, ya me dieron un certificado y hasta título tengo el problema fue que al momento de yo querer tramitar mi cédula profesiona,  en profesiones del estado de gto me dicen que el certificado que yo tengo solo me avala una carrera técnica mas no mi bachillerato..... en ese momento aun no entendia nada si no hasta que me acerque al conalep y me dicen que mi certificado de bachillerato no existe que el motivo fue que nunca pase la materia y fue hasta ese momento que entendi que en aquellas generaciones el conalep daba 2 certificados uno de carrera técnica y otro de bachillerato, lo peor del caso es que ahora me dicen que mi problema se llama invasión de ciclo...... ¿Que puedo hacer?